Samostatným úkolem podle plánu hlavních úkolů České školní inspekce na školní roky 2011/2012 a 2012/2013 byla veřejnosprávní kontrola využívání prostředků státního rozpočtu poskytnutých školám a školským zařízením zřizovaných MŠMT. Kontrolovaným obdobím byl rok 2011 – poslední uzavřený hospodářský rok. Na základě požadavku MŠMT je veřejnosprávní kontrola využívání finančních prostředků státního rozpočtu zařazena do plánu hlavních úkolů každý rok – má roční inspekční cyklus.