MŠMT se neztotožňuje se zjištěními Nejvyššího kontrolního úřadu v oblasti investic do veřejných vysokých škol. Stávající dotační program MŠMT průběžně vyhodnocuje a v současnosti připravuje podrobné podklady pro navazující program.
Ačkoliv MŠMT není nadřízeným orgánem veřejných vysokých škol, má nyní kompletní přehled o technickém stavu jejich budov. Proto MŠMT vytvoří jmenovitý seznam investičních plánů, na základě kterého bude řídit budoucí investice a rozvoj. Při přípravě nového dotačního programu MŠMT zapracuje dosavadní poznatky včetně nastavení pravidel pro hodnocení. Oproti současnému programu budou rozšířena doplňková kritéria, a to jak s ohledem na koncepci vysokého školství, tak s ohledem na zjištěný technický stav budov vysokých škol.
Ke zlepšení kvality výuky a vědeckovýzkumné činnosti na VŠ jsou rekonstrukce a modernizace budov nezbytné. Zároveň přispívají k efektivnějšímu provozu budov.